Le Manga et l'AnimeDr. Stone se composent de plusieurs sagas d'histoires officielles, telles que définies par les titres des chapitres. Chaque saga possèdent plusieurs arcs définis par les fans, destinés à organiser l'histoire. Ces définitions d'arcs et leurs noms ne sont pas canoniques. Si une version officielle clarifie un nom d'arc ou d'arc canon, il sera corrigé.
Le Prologue comprend les douze premiers chapitres de Dr Stone et documente les événements qui ont suivi le réveil de Taiju, jusqu'à la conclusion de la confrontation de Senku avec Tsukasa.
Des forces inconnues ont fait que l'humanité tout entière s'est retrouvée pétrifiée dans la pierre, mettant fin à la civilisation telle que nous la connaissons. Après 3700 ans passés piégés dans celle-ci, deux personnes, Senku Ishigami et Taiju Oki, réussissent à se libérer de leur état. La question à laquelle Senku cherchait à répondre et qui pourrait détenir la clé pour faire revivre l'humanité lui a permis de se dépétrifier.
Après que Tsukasa ait révélé son plan pour purifier la Terre en ne faisant revivre que des jeunes au cœur pur, Senku, Taiju et Yuzuriha se lancent dans une mission dans le but de l'arrêter et de l'empêcher d'obtenir l'eau miraculeuse.
Contenant les chapitres 13 à 45, cette saga tourne autour des interactions de Senku avec le Village Ishigami, en particulier dans la création d'un remède miracle et la création du Royaume de la Science.
Après avoir envoyés Taiju et Yuzuriha à l'Empire de Tsukasa en tant qu'espions, Senku rencontre Kohaku et son village primitif. Avec l'aide du sorcier local et d'autres alliés, Senku commence à construire son Royaume de la Science et gagne lentement la confiance du village.
Contenant les chapitres 83 à 138, cette saga tourne autour du Royaume de la Science après sa victoire contre l'Empire de la puissance et sa recherche de la source de la pétrification afin de soigner Tsukasa qui est mortellement blessé.
Une fois qu'il est déterminé que l'origine de la pétrification se trouve de l'autre côté de la Terre, le Royaume de la Science doit construire un bateau pour traverser l'océan. Avec l'aide de Ryusui Nanami, nouvellement non pétrifié, ils naviguent sur terre et sur mer pour découvrir d'où provient la mystérieuse pétrification.
Afin d'obtenir du platine, un minéral qui rendrait possible la production de masse de fluide miracle, le Royaume de la Science arrive sur l'Île au Trésor. Cependant, la tragédie frappe lorsqu'ils rencontrent un nouvel ennemi, un autre village qui utilise un appareil de pétrification.
À partir du chapitre 139, cette saga tourne autour de l'équipage de Persée, voyageant à travers le monde afin de trouver divers éléments nécessaires pour créer un navire capable de voyager dans l'espace.
