Dr. Stone consiste de varias sagas oficiales, que se definen por los títulos de los capítulos. Y cada saga consiste de varios arcos organizados por fans. Los nombres y definiciones de los arcos no son canon. Si una definición oficial de cada arco se hace, será corregido aquí.
El prólogo consiste de 12 capítulos y 6 episodios, y narra los eventos posteriores al despertar de Taiju Oki hasta la conclusión de la confrontación de Senku Ishigami y Tsukasa Shishio.
Fuerzas desconocidas provocaron que toda la humanidad se congelara en piedra, terminando con la civilización como la conocemos. 3700 años después, dos adolescentes, Senku y Taiju por alguna razón despiertan de su petrificación. El porqué de su despertar es la respuesta que busca Senku, y podría ser la clave para revivir a la humanidad.
Después de que Tsukasa revela su plan para purificar la tierra sólo reviviendo a la juventud con un corazón puro, Senku, Taiju y Yuzuriha tienen unduelo con Tsukasa para evitar que se apodere del Suero de Resurrección y lleve a cabo su plan.
Esta saga gira en torno al asentamiento de Senku a las afueras de la Aldea Ishigami y sus interacciones con los aldeanos, principalmente centrándose en encontrar una cura para la enfermedad de Ruri, y establecer el Reino de la Ciencia. Empieza en el capítulo 13 y el episodio 6. y termina en el capítulo 45 y el episodio 17.
Después de llegar a la Aldea Ishigami, Senku se centra en hacer avances científicos en su nuevo puesto y en formar una buena relación con los habitantes de la aldea para convencerlos de las ventajas de la ciencia, y establecer el Reino de la Ciencia.
En la Aldea se prepara un torneo cada cierto tiempo para definir quién será el siguiente líder de la aldea. Al llegar este evento, el Reino de la Ciencia decide manipular el torneo para que Senku pueda convertirse en líder de la aldea y curar a Ruri
Esta saga se centra en el conflicto bélico entre el Reino de la Ciencia y el Imperio de Tsukasa. Empieza en el capítulo 46 y el episodio 18, y termina en el capítulo 82 y el episodio 35.
Para poder hacerle pelea a Tsukasa y a su ejército, Senku debe desarrollar un sistema de comunicaciones. Después de esto, empieza definitivamente la guerra contra el Imperio de Tsukasa.
Manga
Anime
Cantidad de capítulos
32
Cantidad de episodios
16
Z=51 Dulces en el mundo de piedra
Z=52 La era del poder de la maquinaria
Z=53 Club de manualidades austeras
Z=54 Joyas azules brillantes
Z=55 Mazmorra del tesoro
Z=56 El tesoro
Z=57 Calienta el corazón
Z=58 Ondas de ciencia
Z=59 Una voz enviada a través del infinito y más allá
Z=60 La voz del Ángel y el susurro del demonio
Z=61 Empieza la Guerra de Piedra
Z=62 Persecución doble
Z=63 Guerra de información
Z=64 Línea directa
Z=65 Llamada telefónica desde la muerte
Z=66 Un mentiroso y una persona honesta
Z=67 Salida de todas las unidades
Z=68 Llama de revolución
Z=69 Gorila de vapor
Z=70 Blindaje de papel
Z=71 Escape de prisión
Z=72 Puntos de experiencia
Z=73 Misión ultra secreta
Z=74 20 segundos de suerte
Z=75 Cuenta atrás: 20
Z=76 Batalla final
Z=77 El poder de la ciencia
Z=78 Cosas que se rompieron, cosas que fueron arregladas
Esta saga gira en torno a las consecuencias de la victoria del Reino de la Ciencia y su búsqueda por una forma de petrificar a Tsukasa para poder salvarlo de sus heridas. Empieza en el capítulo 83 y la OVA de Ryuusui, y termina en el capítulo 142 y el episodio 57.
Después de determinar que el rayo petrificador está en el otro lado de La Tierra (Sudamérica), el Reino de la Ciencia empieza la construcción de un barco para atravesar el oceano, con la ayuda del recién resucitado Ryusui Nanami.
Z=114 La ciencia penetra silenciosamente en la piedra
Z=115 Un segundo y un grano
Z=116 Un milagro en tus manos
Z=117 El contraataque del Reino de la Ciencia
Z=118 Soldados silenciosos
Z=119 Soldados científicos
Z=120 Ultra secreto
Z=121 La verdadera cara de Medusa
Z=122 Batalla de ingenio con piezas de puzzle
Z=123 Batalla del juego de azar
Z=124 El invento de Dios y el Diablo
Z=125 La batalla tridimensional decisiva
Z=126 Estrategia tridimensional
Z=127 Medusa y Perseo
Z=128 Batalla campal en la gran isla
Z=129 Comodín
Z=130 La elección del Diablo
Z=131 Un delito grave
Z=132 El arma más poderosa
Z=133 El resplandor de la aniquilación
Z=134 Guerra de generales
Z=135 Conteo
Z=136 Medusa VS. ciencia
Z=137 El último hombre en pie
Z=138 Fin de la parte 3
Z=139 El primer sueño
Z=140 Pilotos del nuevo mundo
Z=141 Primer equipo
Z=142 El poder del mundo
41: Cofre del tesoro
42: La luz de la esperanza y la desesperación
43: El as está en el barco científico
44: Ciencia hermosa
45: Guerras científicas
46: Haremos un milagro
47: El reino científico contraataca
48: El verdadero rostro de Medusa
49: Maniobras intelectuales
50: Batalla decisiva tridimensional
51: Refriega por todo el territorio
52: Joker
53: El resplandor de la ruina
54: Last man standing
55: Primer sueño
56: La isla del tesoro
57: Más allá del nuevo mundo
Saga de la Verdad sobre la Petrificación[]
Después de conseguir el Arma de Petrificación, el Reino de la Ciencia decide determina que Whyman está en La Luna y se embarcan en un viaje por todo el mundo para conseguir piezas para un cohete y detenerlo. Empieza en el capítulo 143 y termina en el capítulo 212. Es considerada la saga principal de la serie.
El Reino de la Ciencia se embarca en un viaje a América para fundar Ciudad Maíz, resucitar gente y conseguir los materiales necesarios para el cohete y para producir grandes cantidades de Suero de Resurrección
Tras dividirse en 3 grupos, el de Senku viaja por Europa, Asia y Oceanía fundando ciudades como Ciudad Fluorita en España, Ciudad Matemáticas en India, Ciudad Aluminio en Australia y Ciudad Caucho en Indonesia.
